Capacitar o aluno com os conceitos de estrutura de proteínas (primária à quaternária). Relacionar a estrutura de proteínas com vários aspectos da função, usando como modelos proteínas catalíticas, proteínas fibrosas e proteínas alostéricas.
Apresentar uma visão da relação entre estrutura e função de proteínas como base para preparar o aluno para trabalho de engenharia de proteínas.
ESTRUTURA E FUNÇÃO DE PROTEÍNAS.
1) CONCEITOS GERAIS.
Seqüência de aminoácidos de proteína -> estrutura de proteína -> função de proteína.
Busca e instalação dos recursos de informática a serem utilizados durante o curso.
2) ESTRUTURA PRIMÁRIA
Os amino ácidos – estrutura química e características fisico-químicas
Síntese de proteínas
Seqüênciamento da proteína através DNA, RNA (cDNA) ou peptídeos.
3) ESTRUTURA SECUNDÁRIA
A ligação peptídica, e o gráfico Ramachandran.
Elementos principais da estrutura secundária –hélice-alfa, folha-beta
Outros elementos da estrutura secundária.
4) ESTRUTURA TERCIÁRIA
Organização dos elementos secundários determina o “fold” da proteína.
Dobramento de proteínas.
Topologia dos sítios ativos – a base estrutural de catalise.
5) ESTRUTURA QUATERNÁRIA
Interações entre proteínas – um exame das interfaces entre proteínas.
Mudanças na estrutura quaternária – a base estrutural de alosterismo.
Interações entre proteínas fibrosas – formação de filamentos proteícos.
Anticorpos – modulação da especificidade da interação entre proteínas.
6) HOMOLOGIA ENTRE PROTEÍNAS
Homologia no nível de seqüência de aminoacidos – comparações entre seqüências.
Homologia no nível de estrutura terciária.
Conceitos de modelagem de proteínas.
‘Introduction to Protein Archtecture”, A. M. Lesk, Oxford Publishers, 2001.
“Principles of Biochemistry”,Lehninger, Nelson and Cox.Worth Publishers, 2000.
“Introduction to Protein Structure”Branden and Tooze, Garland Publishing Inc, 1999.
CATH – Structural classification of proteins. http://www.cathdb.info/latest/index.html
SCOP – Structural classification os proteins. http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
RCSB – Research Consortium for Structural Biology. http://www.rcsb.org/pdb/
Richards, F.M. e Lim, W.A. – An analysis of packing in the protein folding problem. Quart. Rev. Biophys. 26, 423 – 498 (1993).
Structural Bioinformatics for Protein Engineering Vieira, D.S., Lourenzoni, M.R., Fuzo, C.A., Ward, R.J. e Degrçve, L.
O aluno prepara um relatório e um seminário com enfoque da análise estrutural de uma proteína de relevância para seu projeto (o peso da atividade será 20% relatório, 80% seminário).
A disciplina ocorrerá 100% no sistema não presencial. As aulas serão síncronas.
As aulas expositivas serão gravadas e disponibilizadas no site da disciplina em Google
Classroom. Cópias do material das aulas serão disponibilizadas em formato pdf.
A plataforma que será utilizada;
Google Classroom
Google Meet
Whatsapp
Haverá interação semanal durante as aulas. Um grupo de Whatsapp será criado para agilizar
a comunicação.
O curso inclui atividades que envolvem interação entre todas as pessoas na sala virtual
A forma de controle da frequência será a registrada no Google Meet
O aluno precisará de dispositivo com câmera, microfone e conexão de internet
A avaliação envolve a preparação de um relatório da análise (peso 20%) de uma proteína de interesse do aluno, com apresentação de um seminário online (peso 80%).
Os critérios de avaliação serão a entrega de relatório e uma apresentação de um seminário online. (peso 20% resumo, 80% seminário).
No início da disciplina, o(s) responsável(is) dialogarão com a turma, sobre a eventual necessidade de haver estrutura disponível na(s) unidade(s) para acesso dos alunos ao sistema remoto de Ensino.