Abordar a fundamentação teórico-conceitual e prática da Biologia Comparada. Serão discutidos os conceitos subjacentes à Biologia Comparada, particularmente aqueles necessários à compreensão da importância das reconstruções filogenéticas na interpretação da evolução de grupos e caracteres. Serão exploradas a motivação de se realizar pesquisas comparativas em biologia, bem como as premissas de estudos em sistemática filogenética e biologia evolutiva. A disciplina fornecerá o embasamento para análises filogenéticas de dados morfológicos e moleculares e permitirá discutir os princípios norteadores de escolhas metodológicas e a aplicação de resultados.
Ultimamente, o número de estudos utilizando hipóteses filogenéticas aumentou consideravelmente, embasando pesquisas de abordagem comparada e evolutiva. O domínio dos métodos de análise filogenética é fundamental a qualquer investigação biológica básica ou aplicada, pois estes integram os meios para conhecimento da diversidade biológica e interpretações sobre a evolução de qualquer característica - seja bioquímica, fisiológica, morfológica, etológica ou ecológica. A abordagem teórica dos tópicos pretendidos, integrada à discussão dos conceitos e ao uso de práticas computacionais, facilitará a assimilação dos mesmos e servirá para melhor fundamentar os estudos filogenéticos bem como permitir uma interpretação crítica de achados já publicados.
Introdução a métodos de inferência, lógica clássica e lógica pós-aristotélica. Conceituação de Sistemática/Taxonomia, Biologia Comparada. O problema da diversidade. Histórico da Biologia Comparada. Conceitos de espécie. O problema de classes e indivíduos. Filosofia(s) da sistemática. Terminologia filogenética: plesiomorfia e apomorfia; simplesiomorfia e sinapomorfia; homoplasia; grupos monofiléticos e merofiléticos. Homologia. Construção de caracteres; premissas e estratégias de codificação; caracteres versus estados de caráter. Ordenação de estados. Amostragem de terminais para uma análise; grupo interno e grupo(s) externo(s); plano básico versus abordagem com exemplares. Critérios de enraizamento de árvores filogenéticas: grupos externos, ontogenia, registro fóssil. Enraizamento Lundberg, simultâneo e “grupo externo hipotético”. Técnicas de reconstrução filogenética. Parcimônia como critério de otimização. Técnicas de consenso. Otimização de estados ancestrais de caracteres; otimizações ambíguas e não-ambíguas. Apomorfia, homoplasia, reversão. Pesagem sucessiva (aproximação sucessiva) e pesagem implícita (implied weighting). Utilização de recursos computacionais: algoritmos para análises heurísticas básicos e avançados; busca exata. Tipos de informação: morfologia, comportamentos, moléculas. Classes de dados moleculares: obtenção; bancos de informação (GenBank). Homologia molecular e alinhamento de seqüências. Modelos de substituição (modelos de evolução molecular) e seleção de modelos para análises probabilísticas. Noções de probabilidade e aplicações à filogenética. Máxima verossimilhança como critério de otimização. Inferência bayesiana. Análise combinada (evidência total). Medidas de incongruência. Medidas de suporte para árvores e ramos: medidas diretas e indiretas. Comparação de abordagens de análise; escolha e comparação de critérios de otimização. Ferramentas de análise de evolução de características fenotípicas: sinal filogenético, método comparativo, contrastes independentes, testes de seleção de modelos. Ferramentas de análise de evolução molecular: cálculos de divergência genética, regimes de seleção (neutra, purificadora, positiva direcional), estimativas de taxas de evolução para regiões codificantes e não-codificantes do genoma.
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Artigos selecionados dos periódicos: Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics; Cladistics; Evolution; Insect Molecular Biology; Molecular Biology and Evolution; Molecular Phylogenetics and Evolution; Nature; Philosophical Transactions of the Royal Society; PLOS Biology; Proceedings of the National Academy of Sciences, USA (PNAS), Proceedings of the Royal Society; Science; Systematic Biology; Trends in Ecology & Evolution; Trends in Genetics; Zootaxa; entre outros. Anualmente, novas publicações pertinentes são incluídas.
Nota dos seminários (peso 3), relatórios de atividades teórico-práticas (peso 2).
O conceito final será definido pelo seguinte intervalo de notas: 0 – 4,9 (R - reprovado), 5,0 – 6,9 (C), 7,0 – 8,9 (B) e 9,0 – 10,0 (A).
Modalidade de ensino: ( X ) Presencial; ( ) Remoto; ( ) Híbrido;
Porcentagem não presencial (0-100%): 0%