Apresentar o contexto da origem do movimento que culminou na proposição do PhyloCode, e inserção das ideias centrais à Nomenclatura Filogenética na história das Ciências Biológicas; apresentar os tipos de definições de nomes de clados com base na Nomenclatura Filogenética, abordando suas vantagens em relação às definições tradicionais (lineanas); analisar os artigos que compõe o PhyloCode e as principais definições de nomes de clados presentes no Phylonyms, conduzindo discussões sobre suas aplicações práticas.
O princípio norteador da Nomeclatura Filogenética reside no fato das entidades biológicas não serem estáveis, quanto à sua estrutura, modificando-se ao longo do tempo em função do processo evolutivo. Desta forma, definições baseadas nas suas cambiantes características morfológicas são fadadas a constante revisão, derivada principalmente da descoberta de novos táxons, gerando instabilidade. Já as definições filogenéticas, por se basearem na identificação de partes de árvores filogenéticas, seriam mais estáveis em termos definicionais, mesmo que impliquem em maior instabilidade quanto à inclusividade dos táxons assim definidos, derivada das incertezas inerentes aos arranjos filogenéticos.
Em meados dos anos noventa, tentativas foram feitas no sentido de integrar a Nomenclatura Filogenética aos códigos de nomenclatura biológica existentes, mas a inviabilidade de tal fusão fez com que Philip Cantino, Michael Donoghue e Kevin de Queiroz começassem a rascunhar o texto que viria a se converter no PhyloCode. A primeira versão do PhyloCode foi disponibilizada online em abril de 2000, suscitando grande controvérsia dentro da comunidade científica e, até mesmo, certa repercussão junto ao público geral, inclusive no Brasil. Desde então, este código foi periodicamente modificado, sendo a última versão “informal” a de janeiro de 2014 (versão 5). Desde as primeiras discussões sobre Nomenclatura Filogenética, foi proposto que, quando publicado definitivamente, o PhyloCode seria acompanhado de uma publicação definindo os nomes dos principais clados da árvore da vida, que viria a ser conhecida como Phylonyms. As definições filogenéticas contidas nesta publicação, teriam precedência sobre quaisquer outras, funcionando na prática como um Systema Naturae da Nomenclatura Filogenética. De fato, ainda persiste grande incerteza se a Nomenclatura Filogenética será ou não aceita e amplamente utilizada pelos sistematas em geral. Mas justamente por isso essa discussão é imperativa, especialmente tendo em vista a iminente publicação do Phylocode e do Phylonyms, que fará com que essa temática retorne às mesas de debate dos principais centros de estudos das Ciências da Vida.
O curso consistirá de 14 horas de aula teóricas (expositivas) permeadas por 14 horas de aulas práticas e seminários (discussões sobre o código e as definições). Os temas abordados serão os seguintes: (1) Histórico da Nomenclatura Filogenética, (2) Princípios de Nomenclatura Filogenética, (3) PhyloCode: o código da Nomenclatura Filogenética, e (4) Phylonyms: principais definições filogenéticas.
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Seminários e discussões ao longo da disciplina.