Ferramentas de Análise em Biologia Comparada

5925891-2
Pós-Graduação

Origem:

Biologia Comparada
Biologia Comparada

Vigência

07/12/2017
07/12/2017
2017-11-30 00:00:00

Carga Horária

10 horas
10 horas
5 horas
75 horas
5
3 semanas

Responsáveis:

Tiana Kohlsdorf
07/12/2017
07/12/2017
07/12/2017
30/11/2017

Max Cardoso Langer
07/12/2017
07/12/2017
07/12/2017
30/11/2017

Eduardo Andrade Botelho de Almeida
07/12/2017
07/12/2017
07/12/2017
30/11/2017



Propõe-se apresentar algumas das ferramentas analíticas disponíveis para implementar estudos comparativos, discutindo-se as premissas inerentes a cada método. A disciplina contará com a contribuição de diversos especialistas nas ferramentas mais comumente empregadas, visando demonstrar perspectivas variadas das abordagens e métodos. Ao concluir a disciplina, o estudante deve ter adquirido conhecimento suficiente para escolher as ferramentas adequadas ao seu enfoque específico de pesquisa e aos seus dados.


O programa de pós-graduação em Biologia Comparada presume o desenvolvimento de projetos que utilizam uma abordagem comparada e evolutiva. Os princípios da Biologia Comparada são discutidos amplamente na disciplina Fundamentos em Biologia Comparada; a disciplina Ferramentas Analíticas em Biologia Comparada objetiva estender e aprofundar essa discussão. A disciplina apresentará um panorama geral das ferramentas de estudo disponíveis para a análise de dados, empregando um enfoque comparativo e evolutivo, a partir de hipóteses filogenéticas elaboradas com base em abordagens prévias. Os fundamentos e ferramentas abordados permitirão aos discentes uma escolha crítica e sedimentada das estratégias disponíveis ao analisar seus dados.


Diversidade filogenética e suas aplicações a estudos em ecologia e evolução. Extant Phylogenetic Bracket: como “reconstituir” organismos fósseis a partir de sua posição filogenética. Superárvores: combinando filogenias. Phylocode: princípios de nomenclatura filogenética; Pulsos de diversidade no tempo geológico. Mapeamento de caracteres sobre filogenias – otimizações de Fitch e de Farris para estudo de caracteres discretos e contínuos, reconstruções de estados ancestrais com métodos não paramétricos e estocásticos, incerteza topológica e influência da incerteza da reconstrução, sobre reconstruções de estados ancestrais e circularidade. Evolução de características contínuas (taxas de evolução) – cálculo de sinal filogenético, Método Comparativo, contrastes independentes, simulações por computador. Evolução molecular (taxas de evolução) em regiões regulatórias e codificadoras – cálculos de divergência genética, taxas de substituição sinônimas e não-sinônimas, tipos de seleção (neutra, relaxada, positiva direcional), inferência de sítios de ligação a fatores de transcrição. Fundamentos de Biogeografia.


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* Yang, Z. (2006) Computational Molecular Evolution. Oxford University Press, New York.

Artigos selecionados dos periódicos: Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics; Cladistics; Evolution; Insect Molecular Biology; Molecular Biology and Evolution; Molecular Phylogenetics and Evolution; Nature; Philosophical Transactions of the Royal Society; PLOS Biology; Proceedings of the National Academy of Sciences, USA (PNAS), Proceedings of the Royal Society; Science; Systematic Biology; Trends in Ecology & Evolution; Trends in Genetics; Zootaxa; entre outros. Anualmente, novas publicações pertinentes serão incluídas.


Seminários (peso 3), relatórios de atividades práticas (peso 3), prova escrita (peso 3) e participação ativa em discussões (peso 1).


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