O objetivo principal da disciplina será familiarizar os alunos em relação a alguns dos métodos comparativos e análises quantitativas mais comumente utilizados em análises macroevolutivas (evolução fenotípica). A disciplina também buscará capacitar os alunos instrumentalmente a aplicar tais métodos, principalmente em relação ao programa/linguagem R.
A caracterização de padrões macroevolutivos tem se mostrado um passo determinante na melhor compreensão de processos que permeiam a evolução em grandes escalas temporais. Neste contexto, as principais ferramentas analíticas para tal caracterização são formadas pelo conjunto de metodologias denominadas métodos comparativos filogenéticos. Estes métodos têm sido amplamente utilizados para responder uma variada gama de questões evolutivas em um paradigma filogenético, ou seja, levando em consideração a história compartilhada pelos táxons estudados. Os conceitos e as ferramentas relacionadas aos métodos comparativos filogenéticos são hoje parte essencial da formação de pesquisadores interessados em responder perguntas evolutivas, e requerem uma atenção específica uma vez que tais ferramentas são muito diversas, dependendo da natureza do dado com o qual se trabalha e da questão que se investiga.
Aulas teóricas expositivo-dialogadas, com o objetivo de apresentar as bases teóricas dos métodos estudados. Aulas práticas sobre linguagem R, bem como aplicação de diversos métodos comparativos filogenéticos, utilizando dados de diferentes naturezas. Mais especificamente, os métodos abordados serão:
- Reconstruções de estados ancestrais;
- Correlações e regressões;
- Sinal filogenético;
- Calibragem de filogenias no tempo geológico;
- Modelos Evolutivos.
Garamszegi, L. Z. (2014). Modern Phylogenetic Comparative Methods and Their Application in Evolutionary Biology: Concepts and Practice. Springer-Verlag Berlin Heidelberg: 552 pp.
Harmon, L. (2019.) Phylogenetic Comparative Methods. https://lukejharmon.github.io/pcm/.
McNamara, K. J. (1990). Evolutionary trends. Arizona University Press.
Revell, L. J., & Harmon, L. J. (2022). Phylogenetic Comparative Methods in R. Princeton University Press.
Simpson, G. G. (1944). Tempo and mode in evolution. Columbia University Press.
Venables et al. (2021). An Introduction to R (Version 4.2.1). https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.pdf
Os alunos deverão desenvolver um Projeto, individualmente ou em grupo, nos quais deverão demonstrar a aplicação das ferramentas metodológicas abordadas na disciplina a um conjunto de dados (próprio ou fornecido pelos professores). O projeto será apresentado ao final da disciplina, na última aula, para toda a turma.
O conceito final será definido pelo seguinte intervalo de notas: 0 – 4 (R - reprovado), 5 – 6 (C), 7 – 8 (B) e 9 – 10 (A).
Modalidade de ensino: ( ) Presencial; ( ) Remoto; ( X ) Híbrido;
Porcentagem não presencial (0-100%): 50%
As aulas não presenciais serão: ( X ) Síncronas; ( ) Assíncronas
Detalhamento das atividades a serem desenvolvidas de forma presencial e de forma remota, com discriminação do tempo das atividades realizadas:
A totalidade da disciplina será ministrada de maneira síncrona. As aulas teóricas e práticas serão ministradas tanto para os alunos presentes quanto de maneira remota (online), através de uma plataforma de reunião virtual (Zoom, Meet ou Discord), com tela compartilhada e possibilidade de abrir para perguntas. Como a disciplina tem um componente importante a ser desenvolvido no computador pessoal dos alunos, os responsáveis pela disciplina acreditam que este formato favorecerá a participação de alunos que eventualmente não puderem estar presentes.
Detalhamento do material que será disponibilizado para os discentes:
Um email será enviado antes do início da disciplina, com informações sobre quais ferramentas serão necessárias. Estas incluirão, principalmente, informações sobre a instalação dos software R e RStudio, bem como de eventuais pacotes do R. Neste sentido, é necessário que os alunos utilizem seus computadores pessoais durante as aulas (tanto presencialmente ou remotamente).
Plataforma a ser utilizada:
Zoom, Meet ou Discord. Os responsáveis pela disciplina esclarecem que já possuem acesso, por tempo ilimitado, a quaisquer destas plataformas, não necessitando, portanto, de auxílio do PPG ou da Universidade neste aspecto.
Descreva sobre a necessidade da presença do discentes e/ou docentes na Universidade:
Como explicado acima, as aulas serão síncronas, mas os alunos poderão participar presencial ou remotamente.
Descrição da interação entre discentes e docentes (frequência da interação, ferramentas a serem utilizadas, horários, e-mail, chat etc.)
Haverá contato prévio com alunos, por email, como esclarecido no item anterior. Além disso, durante as aulas, os alunos que participarem remotamente poderão entrar em contato via mensagem de texto ou voz (caso a plataforma Discord seja utilizada). Para maior agilidade neste processo de comunicação/interação, será criado um canal do Discord ou canal no Slack para a disciplina. Tais meios de comunicação serão utilizados tanto para as aulas teóricas quanto para as aulas práticas.
Forma de controle da frequência dos alunos nas aulas:
A presença dos alunos será registrada em todas as aulas.
Descrição da necessidade do uso de câmera e microfone por parte dos discentes:
Pelas razões descritas acima, é obrigatória a utilização de microfone por parte dos alunos que participarem remotamente. Quanto à câmera, a utilização será opcional.